lncRNA測(cè)序
長(zhǎng)鏈非編碼RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs)一般是指長(zhǎng)度大于200 nt的RNA,位于細(xì)胞核內(nèi)或胞漿中,不參與蛋白質(zhì)編碼功能,以RNA形式在多種層面上(表觀遺傳調(diào)控、轉(zhuǎn)錄調(diào)控以及轉(zhuǎn)錄后調(diào)控等)調(diào)控***的表達(dá)水平,在生命活動(dòng)中具有重要作用。
長(zhǎng)鏈非編碼RNA測(cè)序(long non-coding RNA sequencing,lncRNA-Seq)是一種使用特定方法降低樣本中rRNA 的豐度,對(duì)富集到的 RNA進(jìn)行文庫(kù)構(gòu)建,再對(duì)高通量測(cè)序儀產(chǎn)出的數(shù)據(jù)進(jìn)行信息分析的研究方法。lncRNA-Seq可一次性獲得樣本中全部的lncRNAs信息,對(duì)lncRNAs的類(lèi)別、功能進(jìn)行的深入分析,從而快速準(zhǔn)確地獲得與特定生物學(xué)過(guò)程(例如發(fā)育、***等)相關(guān) lncRNA信息。
轉(zhuǎn)錄組重測(cè)序
轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的研究對(duì)象為特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有mRNA的總和。轉(zhuǎn)錄組研究是***功能及***結(jié)構(gòu)等研究的基礎(chǔ),廣東pcr,通過(guò)新一代高通量測(cè)序,能夠快速的獲得某一物種特定***或在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉(zhuǎn)錄本序列信息,已廣泛應(yīng)用于臨床診斷、基礎(chǔ)研究和研發(fā)等領(lǐng)域。
轉(zhuǎn)錄組Resequencing針對(duì)的是有參考***組的物種。用新一代高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)某物種的特定***或細(xì)胞進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,與參考***組比較,熒光定量pcr,可以得到***表達(dá)差異、可變剪接、融合***等遺傳調(diào)控信息。
RNA提取及注意事項(xiàng)
研究***的表達(dá)和調(diào)控時(shí),pcr引物設(shè)計(jì),需要從***或細(xì)胞中分離純化RNA。RNA質(zhì)量的高低經(jīng)常影響RT-PCR、cDNA庫(kù)構(gòu)建和Northern Blot等分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)的成敗。
主要***
Trizol是一種新型總RNA抽提***,內(nèi)含異***胍等物質(zhì),能迅速破碎細(xì)胞,***細(xì)胞釋放出的核酸酶。
1.
Trizol***含有,具***性和刺激性,注重操作。
2.
RNase污染的主要來(lái)源是操作過(guò)程中手和空氣中的浮沉,注重配帶手套,樣品盡可能蓋嚴(yán)。
3. 細(xì)胞裂解必需充分且操作迅速。裂解不完全會(huì)降低后得率,因?yàn)橐徊糠諶NA會(huì)殘留在未裂解的細(xì)胞中。細(xì)胞裂解之后要看不見(jiàn)顆粒狀物質(zhì)(結(jié)締***和骨除外)。在清洗和裂解細(xì)胞時(shí)在低溫下操作,fish檢測(cè),防止在操作過(guò)程中釋放的內(nèi)源RNase降解了RNA。
4. 酵母和一些***由于細(xì)胞壁的特別結(jié)構(gòu),可以加入Trizol***同時(shí)加入無(wú)RNase的玻璃珠并劇烈振蕩,使細(xì)胞裂解充分。
2-8℃ 避光保存一年。
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